DSpace logo

Please use this identifier to cite or link to this item: http://repository.uksw.edu/handle/123456789/6909
Title: Analisis Taksonomi Isolat Salmonella Typhi Berdasar Urutan Gen gyrB
Authors: Amarantini, Charis
Satwika, Dhira
Keywords: Salmonella Typhi;gen gyrB;filogeni;isolat klinis
Issue Date: Aug-2014
Publisher: Fakultas Biologi Universitas Kristen Satya Wacana Salatiga
Abstract: Analisis taksonomi Salmonella Typhi dilakukan mengingat tingginya keragaman genetik dan biokimiawi strainstrain anggota Salmonella Typhi, terutama yang merupakan isolat klinis. Tingginya keragaman tersebut dimungkinkan terkait dengan kondisi fatal dan tidaknya infeksi yang ditimbulkan. Analisis taksonomi strain anggota Salmonella Typhi dilakukan menggunakan penanda gen gyrB. Dilakukan amplifikasi dan sekuensing gen gyrB, serta analisis kekerabatan berdasar pohon filogeni yang dihasilkan berdasargen tersebut. DNA genom diamplifikasi menggunakan pasangan primer UP1S dan UP2Sr yang menghasilkan fragmen sepanjang 1256 bp. Salmonella Typhi NCTC 786 digunakan sebagai kontrol positif. Urutan DNA yang diperoleh diedit dan disusun menggunakan program SeqMan dan EditSeq. Selanjutnya dilakukan alignment menggunakan ClustalX versi 2.1, dan kemudian dilakukan analisa urutan DNA dan konstruksi pohon filogenetik menggunakan PHYLIP software package dan PHYDIT software. Jarak genetik dihitung menggunakan model Kimura dengan 2 parameter, dan pohon evolusi disusun berdasar metode neighbour-joining. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berdasarkan sekuen gen gyrB terbentuk clade yang lebih banyak dibandingkan dengan menggunakan data sekuen gen 16S rDNA. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa analisis taksonomi berdasar gen gyrB mampu meningkatkan resolusi taksonomik sehingga dapat digunakan untuk mengungkap diversitas strain-strain anggota Salmonella Typhi.
Description: Prosiding Seminar Nasional Mikrobiologi : Keanekaragaman dan Pemanfaatan Sumberdaya Mikroba Tropika Indonesia. 2014, p. 41 – 48
URI: http://repository.uksw.edu/handle/123456789/6909
ISBN: 9789791506212
Appears in Collections:Bidang Ekologi dan Keanekaragaman Mikroba

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
PROS_Charis A, Dhira S_analisis taksonomi isolat_abstract.pdfAbstract301.27 kBAdobe PDFView/Open
PROS_Charis A, Dhira S_analisis taksonomi isolat_fulltext.pdfFull text233 kBAdobe PDFView/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.