DSpace logo

Please use this identifier to cite or link to this item: https://repository.uksw.edu/handle/123456789/19201
Title: Introgresi Sekuens DNA Penyandi CRISPR: Cas9: sgRNA ke dalam Genom Padi (Oryza sativa Linn.) dengan Gen Target OsSWEET11
Authors: Pranata, Ivan Tjahja
Keywords: CRISPR;sgRNA;Golden Gate;ccdB;OsSWEET11
Issue Date: Jan-2019
Publisher: Fakultas Biologi Universitas Kristen Satya Wacana
Abstract: Penyakit hawar daun bakteri (HDB) adalah salah satu penyakit utama dalam penanaman padi. Kepekaan padi terhadap patogen HDB disebabkan oleh adanya gen pengatur transportasi glukosa (OsSWEET11) yang promoternya digunakan sebagai lokasi penempelan efektor dari Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Teknik penyuntingan genom CRISPR berpeluang menjadi jawaban dari permasalahan ini. Teknik ini terbilang baru, lebih presisi dari teknik konvensional sebelumnya, dan produk rekayasanya tidak tergolong ke dalam GMO. Sistem CRISPR tersusun dari dua bagian yaitu Cas9 yang menyebabkan DSB (double strand break) pada gen target dan single guide RNA (sgRNA) yang menuntun Cas9 agar memotong pada target DNA yang tepat. Sekuens sgRNA inilah yang akan didesain atau dikonstruk ulang dengan menarget pada sekuens target gen pengatur transportasi glukosa tanaman padi. Konstruksi vektor CRISPR:Cas9:sgRNA dirancang menggunakan pDIRECT_21A dengan situs pengenalan AarI. Teknik kloning menggunakan metode Golden Gate dimana enzim restriksi AarI akan memotong dengan posisi flanking dengan arah berlawanan. Fragmen gen penyandi crRNA sebanyak 20 nukleotida disisipkan pada overhang GATT pada daerah 5’-upstream forward dan CAAA pada daerah 5’-downstream reverse. Kloning Golden Gate kemudian diatur dengan program PCR: 37oC, 16oC, 37oC, dan terakhir 80oC. Seleksi pada bakteri transforman menggunakan bantuan gen ccdB. Berdasarkan analisis introgresi menggunakan PCR, sekuens CRISPR:Cas9:sgRNA dengan target OsSWEET11 berhasil terintrogresi pada genom padi.
URI: http://repository.uksw.edu/handle/123456789/19201
ISBN: 9786026191328
Appears in Collections:Prosiding Seminar Nasional Biologi dan Pendidikan Biologi : Inovasi dalam Penelitian dan Pembelajaran Biologi 2019



Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.